中央空調冷凝器極易結垢，正常在夏季供冷期應該做日常水處理，否則在高硬度水質的環境下運行，循環水系統內溶于水中的無機鹽就會隨著溫度的升高結晶析出，在冷凝器換熱面管壁上形成水垢，導致熱交換效率降低。同時硬垢增加，則能耗上升，結硬質水垢1mm厚時會增加6~10.
    由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上細菌、藻類等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，會附著在冷凝器換熱管壁上形成泥垢，嚴重時造成管路堵塞；而污垢、粘泥會影響熱交換效率，多耗電能，造成高壓運行，嚴重時造成超壓停機。所有這些嚴重地影響了冷凝器的正常運行。
    冷凝器清洗分為物理清洗和化學清洗，物理清洗一般用高壓水射流將冷凝器銅管的泥垢清理出來；如果結垢為硬質水垢，應進行化學清洗，物理方式無法將水垢除去。為了使冷凝器在最優化狀態下運行，就必須對冷凝器進行專門的化學藥物處理，清除水垢、銹蝕、粘泥、殺菌和防腐蝕處理，還原成清潔的金屬表面。　　清洗工藝如：
    1、將冷卻水進出冷凝器的閥門關緊，利用溫度計管、壓力表管或排污管連接防腐泵、配液箱做成小循環系統，循環清洗。
    2、先加入酸洗緩蝕劑，此藥劑為專用銅緩蝕劑，它附著在冷凝器金屬內壁上，防止酸和金屬發生反應。
    3、加入固體酸洗清洗劑，用于清洗碳酸鈣垢為主要成份的水垢，清洗劑是復合固體有機酸，白色晶體，對金屬的無腐蝕性，為弱酸；清洗劑用量按設備結垢量而定。
    4、加入泥垢剝離劑（可選），如果冷凝器設備結垢較厚時，需要添加泥垢剝離劑，促進水垢反應后的生成物快速溶于水，加快深層水垢反應
    5、加入中和鈍化劑，在冷凝器進行化學清洗后，中化殘酸，防止金屬表面氧化而生成二次浮銹。
    6、清洗工藝：
    A、清洗溫度：一般采用常溫清洗，如果結垢較厚可以在40℃~50℃清洗以提高清洗速度。
    B、將進出機組的閥門關上，利用壓力表或溫度計管、防腐泵、酸液箱連成清洗循環系統。清洗時先加入緩蝕劑，緩蝕劑循環均勻后緩慢加入有機酸，清洗中應定時檢測反應情況，清洗劑不足時需補足，以保證有足夠的酸液和水垢反應，清洗中按水垢反應情況，可加入適量泥垢剝離劑、消泡劑等。
    C、清洗結束后，要將余液排出，并加入清水沖洗。
    D、冷凝器清洗后還需要加入中和鈍化劑，中和殘酸，以防止金屬內壁氧化。
    E、冷凝器清洗時間為5~10小時左右，按實際情況而定。